黃元御解傷寒包括《傷寒懸解》、《金匱懸解》、《傷寒說意》三本黃氏醫書。《傷寒懸解》十四卷成書于乾隆十三年、《金匱懸解》二十二卷,成書于乾隆十三年、《傷寒說意》十卷,成書于乾隆十九年。《傷寒懸解》、《傷寒說意》,均是黃氏以氣化學說詮釋的傷寒的力作。強調里氣、陽氣在傷寒發病、傳經、治療、預後中的重要性,力駁“傳經為熱”的理論,糾正了詮釋傷寒者的千古之誤,體現了其貴陽賤陰的學術觀點。
《金匱懸解》則是在黃元御研習金匱多年,且通讀諸多醫家詮釋金匱的著述後而成的學術價值極高的詮釋金匱的重要著作。四庫全書評述日︰“元御謂張機著《金匱玉函經》,以治內傷雜病,大旨主于扶陽氣、以為運化之本。自滋陰之說盛,而陽自陰升、陰由陽降之理迄無解者,因推明其意,以成此書。于四診九候之法,言之頗詳。”