《淮南子》的研究整理,自漢代即已開始,從今存資料看,東漢就有馬融、許慎、延篤、高誘四家注,但只有許慎和高誘兩家較完整地流傳到現在,這是我們今天閱讀《淮南子》最為基本的參考。自魏晉之后,經學漸成正統,諸子學被視為「異端」,受到冷落,《淮南子》也處於同樣境地,東漢時的那種熱鬧不復再現。但是,《淮南子》廣博的內容仍成為各種類書、字書等征引的對象,說明其流傳還很廣泛。宋代,印刷術發明以后,《淮南子》的刻印本逐漸多起來。北宋學者蘇頌根據當時流行的幾種版本,相互參校,確立了《淮南子》的一個校訂本,他還開始分辨許、高兩家之注,為后代學者進一步研究許、高兩家注打下了初步基礎。有明一代,刻書之風甚盛,《淮南子》的刻本也很多,各種節選本、批校本就更多了。清代乾嘉時期,考據之學大興,《淮南子》的校勘、箋釋等成績,也卓然可觀,最突出的要數王念孫,其《讀淮南子雜志》二十二卷,除了用不同的版本校對外,還通過淵博的知識,運用文法學的觀念,用內證、外證,來校正一些不妥當的文句,一字通而全句通,全句通而全篇可讀,解決了許多前人未解決的問題,成為繼許、高二家注后,研究《淮南子》的重要參考。民國以降,對《淮南子》的研究開始考據與義理並重,出現了一些重要的成果,在文本校勘方面比較有代表性的有劉文典的《淮南鴻烈集解》、何寧的《淮南子集釋》、張雙棣的《淮南子校釋》等。