深海大作戰

智伍接受了海洋研究所宮博士的邀請來參加海洋探險旅行。他在熱帶海洋的珊瑚礁中享受自由的潛水時，遇見了乘著獨木舟橫穿珊瑚島的皮皮，而凱恩也帶著菊石號來到此地。在《病毒世界歷險記》和《人體歷險記》中結緣的三個人再次相遇啦！皮皮有點嫉妒智伍少年冒險王的身份，智伍對此也有點介意。與此同時，利用希波克拉底號的技術制成的潛水器菊石號要試運行了。菊石號的試運行會取得圓滿成功嗎？隨著菊石號的入水而一起失蹤的智伍和皮皮究竟去哪兒了呢？