真譽收到一封來自遙遠星空的入學邀請函,稱霸宇宙一 角的高智慧人形生物邀請她前往星辰學院陪一名孤獨少女莉莉的思度過青春期。根據邀請函的附加內容,真譽可以帶一名同伴,就這樣,她與凌霄一起代表地球踏上了這段未知的「求學」之旅。
在星辰學院里,真譽與凌霄奇跡般地與花音、盟以及火棘重逢了,又陸續地結交了來自不同星球、性情各異、同樣是人形的新朋友。他們一起展開新奇而熱鬧的校園生活。
星辰學院的主角莉莉思卻一直沒有現身,從宇宙不同角落會聚而來的同學們不禁產生疑惑——這所學院到底是為誰而設,它隱藏着什麼秘密?在星辰學院首次的校慶活動中,與莉莉思相關的秘密被粗魯地曝光,有的同學從真相中感受到善意,有的同學則從中感受到惡意。
星辰學院還因此面臨被關閉的危機……但請相信,薔薇少女館永遠為少女們服務,友愛與夢想永遠同在,不受時間與空間所限制。