由于《菜根譚》采用了開放性的編纂形式,全書沒有嚴密的邏輯聯系,所以極大地方便了流傳過程中不同刊刻者對其進行重編與補輯工作,現存版本多達二十余種,大致分為兩個系統︰一種不分卷,分為前、後兩集,共362條;另一種分前、後兩卷,又分為修省、應酬、評議、閑適、概論五個部分,共408條。
現存明刻本屬于前一系統,大部分清刻本屬于後一系統。兩個系統不僅在編排形式上差異顯著,條目數量和內容亦相去甚遠,僅有半數條目基本重合。總體來看,在兩個版本系統中,《菜根譚》一書的性質並未發生變化,所要傳達的思想也沒有本質差別;前—系統的版本更接近原作面貌,後一系統相對來說更方便閱讀,所以我們此次也采用後一系統中的刻本,即武進陶湘1927年序刻的《還初道人著書二種》之一的這本書的刻本。
隨著時代變遷,《菜根譚》中一些觀念已經顯得極其消極陳腐,沒有多大意義,而且書中許多條目翻來覆去表達相似的思想內容,所以洪應明等從中精選264條,進行注釋、翻譯和點評,使之既能展示古代人的人生智慧,又貼近當代人的現實生活。