脫離了ADEM的由宇,帶着斗真一起追蹤峰島勇次郎所留下的蛛絲馬跡,兩人的逃亡之旅就此展開。他們要前往的目的地大有來頭——不但是勇次郎失蹤的地方,更是年幼的由宇被捕的前峰島研究所!另外,ADEM司令伊達則面臨着艱難的局面。高層要求他為彌涅耳瓦事件造成的社會成本損害,以及由宇的脫逃負責,讓ADEM面臨更換首腦的危機。而在整個局勢背后,則有着甚至能將狡詐的政治家玩弄在股掌之間的厲害人物黑川謙。
為了設立更強硬的組織取代ADEM,黑川企圖搶在伊達之前捉到由宇而展開行動。除了這兩方之外,還出現了第三個追拿由宇與斗真的集團——神秘的佣兵部隊「七原罪」。由宇與斗真即將面臨前所未有的重大危機!!