編碼問題是DNA計算中的基本問題,也是關鍵問題。在DNA計算模型中,數據通過DNA編碼表示,數據計算和處理通過DNA分子間的特異性雜交來完成,DNA編碼質量直接影響DNA計算的精確度。《DNA計算中的編碼方法》介紹了DNA計算模型和應用,闡述了DNA計算的編碼問題,針對編碼方法展開討論,研究了線性編碼方法以及構造和計數問題,研究了模板、模板框和單模板等編碼方法,最后建立了DNA解鏈溫度的預測模型。
《DNA計算中的編碼方法》適合從事DNA計算及相關領域的科研人員參考,也可以供高校、科研機構的研究生學習參考。
朱翔鷗,男,1969年11月出生,副教授,碩士研究生導師,溫州大學電器研究所副所長。目前從事智能計算、電器智能化的研究及應用工作,主持浙江省重大科技推廣項目和浙江省自然科學基金項目各1項,發表學術論文30余篇,其中SCI、EI檢索20余篇。曾獲2010年浙江省科學技術二等獎、2007年浙江省高等學校科研成果二等獎,浙江省重點科技創新團隊核心成員,兼任浙江省塊狀經濟常駐專家,溫州市新世紀551人才。
劉文斌,男,1969年6月出生,教授,工學博士,溫州大學計算機軟件與理論學科帶頭人,浙江省中青年學科帶頭人。2004年獲得華中科技大學控制系系統工程專業博士學位,2004-2006在華中科技大學生物醫學工程專業博士后流動站做研究工作,2007年在美國系統生物研究所(ISB)訪學研究。先后入選浙江省「高校優秀青年教師資助」計划、溫州市「新世紀551人才工程」和浙江省「中青年學科帶頭人」資助對象。主要研究方向為計算生物學、DNA計算、數據挖掘、模式識別、智能計算等。近年來,累計在國內外重要期刊雜志和會議發表學術論文共40余篇。曾主持國家自然科學基金項目二項、浙江省自然科學基金項目二項和中國博士后科學基金一項(二等),獲得省部級獎勵二項、廳級獎勵二項。
目錄
第1章 DNA計算的概述
1.1 引言
1.2 DNA計算模型
1.2.1 基於非線性分子結構的計算模型
1.2.2 DNA進化算法
1.1.3 基於DNA的布爾電路模擬
1.4 基於DNA的大規模數據庫
1.5 在生物信息處理方面的應用
1.6 編碼問題的研究
1.7 小結
第2章 DNA計算中的編碼問題
2.1 引言
2.2 編碼問題及其影響因素
2.3 編碼方法
2.4 編碼的計數問題
2.5 小結
第3章 線性編碼方法
3.1 引言
3.2 DNA計算的編碼的約束條件
3.3 編碼的構造
3.4 算法
3.5 熱力學性質
3.6 小結
第4章 構造DNA計算的線性編碼
4.1 引言
4.2 線性編碼的模運算
4.3 構造線性編碼
4.4 編碼的存在性
4.5 編碼的存在性結果
4.6 小結
第5章 DNA計算線性編碼的計數方法
5.1 引言
5.2 DNA計算線性編碼的算法
5.2.1 獨立約束
5.2.2 組合約束的搜索算法
5.3 組合約束的計數
5.4 小結
第6章 模板編碼方法
6.1 引言
6.2 編碼的搜索
……
第7章 模板框
第8章 單模板編碼方法
第9章 基於BP神經網絡的DNA解鏈溫度(Tm)的預測模型
參考文獻
1.1 引言
1.2 DNA計算模型
1.2.1 基於非線性分子結構的計算模型
1.2.2 DNA進化算法
1.1.3 基於DNA的布爾電路模擬
1.4 基於DNA的大規模數據庫
1.5 在生物信息處理方面的應用
1.6 編碼問題的研究
1.7 小結
第2章 DNA計算中的編碼問題
2.1 引言
2.2 編碼問題及其影響因素
2.3 編碼方法
2.4 編碼的計數問題
2.5 小結
第3章 線性編碼方法
3.1 引言
3.2 DNA計算的編碼的約束條件
3.3 編碼的構造
3.4 算法
3.5 熱力學性質
3.6 小結
第4章 構造DNA計算的線性編碼
4.1 引言
4.2 線性編碼的模運算
4.3 構造線性編碼
4.4 編碼的存在性
4.5 編碼的存在性結果
4.6 小結
第5章 DNA計算線性編碼的計數方法
5.1 引言
5.2 DNA計算線性編碼的算法
5.2.1 獨立約束
5.2.2 組合約束的搜索算法
5.3 組合約束的計數
5.4 小結
第6章 模板編碼方法
6.1 引言
6.2 編碼的搜索
……
第7章 模板框
第8章 單模板編碼方法
第9章 基於BP神經網絡的DNA解鏈溫度(Tm)的預測模型
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