導論
第一部分 科學與信仰之間的裂溝
第一章 從無神論到信神
第二章 世界觀之戰
上帝的觀念是否只是一種想象中的存在？
以宗教的名義造成了什麼傷害？
為什麼一個慈愛的神允許世上存在痛苦？
一個理性的人怎麼可能相信上帝？
第二部分 人類存在的巨大之謎
第三章 宇宙的起源
大爆炸理論
大爆炸之前發生了什麼？
太陽系和地球的形成
人存原理
量子力學和不確定性原理
宇宙學和上帝假說
第四章 地球上的生命——微生物和人
地球上生命的起源 061
化石記錄 064
達爾文的革命性思想 066
DNA，遺傳物質 069
生物學真理及其後果 073
第五章 破譯上帝的指導手冊——人類基因組的啟示
第一次閱讀人類基因組的驚奇
達爾文和DNA
這對人類進化意味著什麼？
進化︰理論還是事實？
第三部分 相信科學，相信上帝
第六章 創世記，伽利略和達爾文
達爾文理論缺乏公眾認同的原因
《創世記》究竟說了什麼？
伽利略的啟示
第七章 第1節︰無神論和不可知論（當科學高于信仰）
無神論
不可知論
結論
第八章 第2節︰創世論（當信仰高于科學）
年輕地球創世論（Young Earth Creationism）
年輕地球創世論與現代科學是不相容的
但是拘泥于字面意義理解《創世記》是不必要的
上帝難道是一個大騙子？
對理性的申訴
第九章 第3節︰智能設計論（當科學需要借助于神力的時候）
智能設計論究竟是什麼？
科學拒絕ID理論
神學拒絕ID理論
ID理論的未來
第十章 第4節︰生命之道（科學與信仰和諧共存）
什麼是有神論的進化？
對有神論進化觀的批評
如何看待亞當和夏娃？
科學與宗教信仰︰至關重要的結語
第十一章 真理的追求者
從個人角度來看證據
是哪種信仰？
亟待裁定的佐證
尋找且得到你的發現
對信徒的忠告
對科學家的忠告
結語
附錄 科學與醫學的道德實踐︰生命倫理學
醫學遺傳學
個性化的醫學
由DNA檢測引出的倫理問題
以道德律為根基的生命倫理學
宗教信仰在生命倫理學中應起到什麼作用？
干細胞與克隆
迥然相異的體細胞核移植
超越醫學
改良自身（enhancement）
結論
後記
