這本書也是由湯米講述，比前面的《德利特醫生自月球歸來》晚二十年才出版，故事接續著發展。
鸚鵡玻里尼西亞與助手湯米發現醫生的研究似乎進展得不是那麼順利，而非常擔心。醫生的研究是將月世界帶回來的植物種子種植在地球上，想讓人類短暫的生命能永遠幸福快樂；但是研究卻遇上了瓶頸，醫生看來非常煩惱。
湯米、玻里尼西亞及聰明的豆豆都希望醫生能改變研究目標；他們認為醫生不出去旅行的話，健康可能會出問題。這時湯米突然想起那隻見過諾亞洪水的長壽烏龜，若是去問牠長壽的秘訣，一定會對醫生的研究有幫助。對於在前面的「郵局」之旅時，醫生不是曾經將烏龜說的話記在棕櫚葉的筆記上嗎？
於是醫生的動物家族們，便立刻前往圖書館，去找那本由白老鼠所保管的棕櫚筆記。
但是這本重要的「文獻」卻消失了。後來小白才知道，這本筆記被國外來的老鼠咬得粉碎，拿去做床了。
大家既失望又憤怒。勇敢的麻雀奇普塞多，便悄悄地與妻子去非洲旅行，找到了那隻烏龜；但是在三個月前，那兒發生大地震，烏龜獨自被埋在地底的洞穴中。
德利特醫生為了要救這隻高齡七萬歲的珍貴大烏龜，立刻起程前往非洲。
從非洲開始的醫生尋找大烏龜之旅，還有大烏龜講述的「太古大洪水物語」，是「德利特醫生故事集」十二冊中的高潮。
帶領醫生一行人前往埋著烏龜的裘卡尼克湖的，是麻雀奇普塞多與妻子貝奇。住在非洲的鱷魚們，全部由水中爬上陸地來幫醫生。在《德利特醫生非洲行》中，醫生的妹妹莎拉曾為了他將一隻鱷魚留在家中而憤怒地說：「我沒辦法再待在這個家裡，我要去結婚。」便離家出走了。但是那次事件的主角，鱷魚吉姆，卻在多年後邀集自己的夥伴們來幫助醫生。
這群鱷魚及所救出來的大烏龜所說的，都是些異想天開的古老古事。現在就讓我們來介紹一下在這一集中所出現的一些人物。
曼修茲王是古時候的大王，他所擁有的夏爾巴城市是全世界最有錢的都市。大烏龜說，由於曼修茲王不敬畏神明，且酷愛戰爭，所以才會引發聖經中所說的「諾亞大洪水」。當時諾亞是個都市的官員，同時也擔任國王動物園的飼養股長。烏龜被捕後，就被送進動物園內飼養，因而結識諾亞老人與他的助手愛華。愛華是國王的奴隸，對動物非常有愛心。發生諾亞洪水時，陸地上所有的生物都快要滅頂之際，只有被放入「方舟」中的人類與動物得以倖免。此時快要淹死的奴隸愛華與他的朋友，少女嘉莎，被烏龜及牠的妻子發現。烏龜違反諾亞的命令，救了他們；因為烏龜夫婦覺得國王雖然有罪，但是這些做奴隸的少年少女有什麼罪呢？大烏龜與牠的妻子對這兩個無依無靠的小孩所付出的感情，非常令人感動。
當大烏龜從洞穴中被救出來，並講完這個古老的故事之後，大家就送牠回去故鄉。當牠經過河川，來到湖泊的某處，嚇得停下了腳步，因為以前那個曼修茲王所統治的都市廢墟浮上了水面；之前這個廢墟一直被埋在地底下，烏龜不知道三個月前的大地震讓它又浮了起來。於是，烏龜帶領著一行人來到曼修茲王的地下寶庫。
這個寶庫中放滿了以前全世界的金銀珠寶，就這樣被原封不動地保留下來，其中有珍珠、鑽石，還有像蛋一樣大的紅寶石。他們還看到了曼修茲王的豪華「世界王冠」。管家達普哀求德利特醫生，一定要將這王冠帶回去，但是醫生仍然像以往一樣表示不願意偷竊寶物而拒絕了。他只將曼修茲王平常所戴上面刻有當時文字的青銅王冠帶回去做紀念。
醫生一行人與大烏龜分別的時刻終於來臨了。說完再見後，大家都不放心讓生病的烏龜自個兒孤零零地回到湖中，每個人心情都很沈重。但是一行人與烏龜分別後沒多久，就碰到了剛從非洲趕回來的烏龜太太。牠就像人類的老祖母一樣，有些害羞地對醫生說：「每當我一想到愛華與嘉莎在美國子孫們，就會非常想念他們，所以常常跑去看看。」送走了要趕回家的烏龜太太之後，醫生與動物們立刻恢復了元氣，朝著英國的巴德魯比快速駕船回去。
